ชนิดของเครื่องหมายดีเอ็นเอ สร้างขึ้น โดยการย่อยอาหารของ genomic DNA กับสองจำกัด enzymes จะสร้างบางส่วนของดีเอ็นเอจำนวนมาก อักขระควบลำดับที่เฉพาะเจาะจงของดีเอ็นเอ (เรียกว่าอะแด็ปเตอร์) เมื่อต้องการสิ้นสุดของเหล่านี้กระจายตัว ถิ่น amplification ของการกระจายตัวผ่านทาง PCR (ใช้ชุดของ primers มีลำดับที่สอดคล้องกับที่อะแดปเตอร์ บวกชุดสุ่มต่าง ๆ ของสามฐานที่เพิ่มเติมในตอนท้าย)และการกระจายตัวผ่านทางเจล electrophoresis มีการแสดงภาพประกอบเพลง PCR จะขยายส่วนใดลำดับที่เกิดขึ้นเมื่อต้องการ เริ่มต้น ด้วยลำดับที่ 3-ฐานในชุดของ primers ใด ๆ AFLPs มีประโยชน์สำคัญที่เครื่องหมายต่าง ๆ สามารถสร้างขึ้น ด้วยความพยายามเพียงเล็กน้อยค่อนข้าง พวกเขาจะมีประโยชน์มากวิธีการขอบเขตของความหลากหลายพันธุภายใน และ ระหว่างประชากร quantifying เป็นข้อเสียเปรียบหลักของพวกเขาที่พวกเขาจะไม่เฉพาะในโลกัสเฉพาะเจาะจง และ เนื่องจากพวกเขาจะถูกนับเป็นการแสดงตนหรือการขาดงานของวงการ heterozygotes ไม่สามารถแยกแยะออกจาก homozygotes ได้แก่ พวกเขาถ่ายทอดมาในแฟชั่นเพาะ